扶余历史悠久,先秦时期,这里是古濊貊人世代繁衍生息之地。西汉初期,濊貊建立了中国东北地区第一个地 方民族政权——夫余国(今扶余地方为其属地)。勿吉灭夫余后,为勿吉伯咄部居地。渤海时属夫余府,辽属宁江州,金时分属上京路隆州府利涉县和会 宁府会宁县。元朝属辽阳行中书省开元路,明朝曾在此地设置撒叉河卫,明朝后期,科尔沁蒙古人占据这里。后金立国后,在此立官军队站,称伯都讷站。
清康熙三十一年(1692年),设副都统衙门,移吉林副都统于此,称伯都讷副都统,驻伯都讷旧城(伯都讷兵 站址),次年建伯都讷新城(今松原市宁江区江北市区中心地带),徙副都统衙门于此。雍正四年十二月(1727年1月),添置长宁县,理民务,隶奉天府 尹,副都统衙门专理旗务。嘉庆十五年(1810年)置伯都讷厅,辖区为今宁江区(江北部分)、扶余市、榆树市。光绪三十二年(1906年)撤伯都讷厅, 更名为新城府,隶西北路道,与榆树分治,辖区为今松原市宁江区(江北部分)和扶余市。宣统元年(1909年),裁副都统,结束旗民分治。
1913年(中华民国二年),改新城府为新城县,设公署,长官称县知事;1914年4月,因与外省几县重名,遂以 此地为古夫余立国之地更名扶余县,隶吉林省滨江道,改县公署为县政府、县知事为县长。1929年(中华民国十八年),全国取消道级建置,扶余县直隶 于吉林省。1931年“9·18”事变后,日军占领吉林省,11月,在扶余县成立伪“自治指导委员会”,建立伪政权。1932年3月,伪满州国成立,7月公布“ 县官制”,县政府改称县公署,设县长和县“自治指导员”(日本人任)。1934年,自治指导员改称县参事官。1934年12月,东北划为10省,扶余仍隶于 吉林省。
1945年8月,东北光复,苏联红军进驻扶余;11月1日东北人民自治军 (后改东北民主联军)嫩江纵队长白支队 进驻扶余。1946年2月,成立扶余县政府,隶于西满局吉江区行政主任公署;6月改属嫩江省第四专署;1947年2月,黑龙江与嫩江两省合并,扶余县改属黑 嫩省委四专署;10月,黑嫩两省分开,属嫩江省;1949年4月,经东北政委会决定,划归吉林省。5月,县政府改称县人民政府。
中华人民共和国成立后,扶余县仍属吉林省。1955年2月,属吉林省怀德专区 (1956年10月6日,怀德专员公署 改为公主岭专员公署),12月,县人民政府改称县人民委员会;1958年9月,改称县人民公社联社。11月,扶余县归白城地区。1959年4月,恢复县人民委 员会。1968年7月,成立县革命委员会,设主任、副主任;1980年9月,县革委会改称县人民政府,县革委会主任、副主任改称县长、副县长。
1987年11月撤县,变为扶余市(县级),仍隶于白城地区。
1991年4月,在前郭县和扶余市的基础上,成立前扶经济开发管理区,扶余改隶前扶开发管理区。
1992年7月,松原市成立,扶余市改为松原市扶余区,隶属松原市。原属前郭县的镇郊乡(前郭县镇郊乡大部和 大里巴乡两个村划归扶余区后改称兴原乡),毛都站镇和原前郭镇属的6个街道,胜利、民主、育才3个街道的23个居民委员会合并为3个街道,划归扶余区 辖。扶余从清初设治以来第一次跨江而治,下辖35个乡镇、10个街道、两个国营农场,总人口1145011人。
1995年7月,经国务院批准,重新设立扶余县。12月,县政府移驻三岔河镇,仍隶属松原市。下辖26个乡镇、1 个国营农场和2个灌区。
2005年撤并乡镇,2006年社里乡划归松原市,扶余下辖乡镇由26个缩减为17个。
2013年2月,撤销扶余县,设立扶余市,以原扶余县行政区域为县级扶余市的行政区域。扶余市由省直辖,松原 市代管。
2015年,全市下辖5个乡、12个镇、5个街道、1个农业高效示范园区、1个农场、2个灌区、1个湿地保护区,2个 省级工业集中区、2个市级工业园区。